引言
客户在做基础研究时，经常会采用动物模型来进行实验。通过高通量筛选获得了差异的LncRNA，并对其中某个LncRNA进行研究，后期为表明该LncRNA在人疾病上的适用性，往往就需要在人上比对到同源性的LncRNA，但LncRNA保守性比较低，只有部分序列是多物种保守的，这种保守序列与其功能密切相关。
近期有篇文章（Transcriptional regulation of macrophage cholesterol efflux and atherogenesis by a long noncoding RNA），研究小鼠LncRNA——Mexis，又称AI427809、NONMMUG029262、NR_033140，功能实验表明了Mexis的重要性。此外，对Mexis进行保守性分析，定位到人的同源性lncRNA（TCONS00016111）。今天小编就给大家简单介绍一下文中涉及的LncRNA保守性分析方法，以Mexis（AI427809）为例，看别人是如何查找不同物种的同源性LncRNA。
文中方法：UCSC数据库
小鼠LncRNA——AI427809，又称Mexis(文章作者自行命名)，通过研究发现靶标为Abca1，后期通过保守性分析发现人的同源性LncRNA——TCONS00016111，文章通过两张图来体现物种间的保守性。
图1：
图2：
具体方法:
1. 打开UCSC, 选择mm10，输入AI427809，提前选择conservation，点击GO，
2. 得到如下界面：
3. 放大AI427809（选中区域，然后点击Zoom in）
4. 为了进一步了解展示保守性的物种及相应序列，点击Multiz alignments,
5. 点击绿色区域可得到小鼠与不同物种间的同源性序列，着重查看人的同源性序列，发现主要集中在9号染色体在105100000区域左右（版本Hg38），该区域正好有个LncRNA——TCONS00016111, 同时上游104800000区域附近正好也是Abca1靶标基因区域。(结果中提供基因组位置属于Hg19版本，需自行转换一下)
6. 以上步骤定位到人的同源性LncRNA（TCONS00016111），文章作者又从物种人出发，进一步确认TCONS00016111的保守性。首先打开UCSC，输入Abca1，选择显示lncRNA，缩小基因浏览器，展示出TCON00016111区域。通过100 vertebrates Basewise Conservation by PhyloP和100 vertebrates Basewise Conservation by PhastCons两个保守性评判值俩看，TCON00016111区域具有一定的物种保守性。
PS：通过这篇文章，大致归纳一下，就是鼠源AI427809通过顺式调控靶标基因Abca1，通过保守性分析，定位到人的同源性LncRNA——TCONS00016111，也是通过顺式调控靶标基因Abca1。这也体现出LncRNA的功能保守性。在此基础上假设一下，如果研究确定了鼠源LncRNA及其顺式靶标，可以从靶基因出发(因为常见物种的编码基因信息是非常全面的），先从人源上定位到靶基因，再在靶基因附近查找lncRNA信息，这也不失为一种方法。
常见方法：NONCODE数据库
1. 打开NONCODE网站(http://www.noncode.org/)，在搜索框内输入AI427809，点击Search，然后点红框的任意一条记录。
2. 出现如下页面，点击红框内基因ID：
3. 点击这个基因ID，会出现如下页面，结果发现并没有保守性相关信息。这种情况不一定就说明在其它物种上没有保守性序列，这是NONCODE本身数据库信息就不全面的缘故。这时没有发现保守性序列，可以考虑换另一种的方法。
4. 按照上述方法没有得到AI427809的物种保守性信息，因此咱们换一种，直接通过该LncRNA的核酸序列进行保守性分析。首先获取AI427809这个LncRNA的序列，序列如下：
5. 点击Blast，
6. 得到如下界面，并将AI427809的序列复制进框内，
7. 然后点击Search，得到如下界面：
在所得结果中有小鼠和大鼠的同源性序列，但没有发现人的同源性序列。类似的方法还有NCBI的BLAST。但这类方法对数据库的依赖比较大，特别是目前NONCODE，NCBI数据库收录各类物种LncRNA信息不是很全面的情况下，定位不到同源性的LncRNA不足为奇。
因此，对于LncRNA的保守性分析往往需要尝试不同的方法。比如文章中涉及的AI427809，UCSC法可以定位到同源性的LncRNA，但Noncode则不能。
PS：LncRNA保守性比较低，想从模式动物的LncRNA定位到人的同源性LncRNA，相对而言比较困难，希望以上两种方法对有此需求的客户有所帮助！
参考文献: Transcriptional regulation of macrophage cholesterol efflux and atherogenesis by a long noncoding RNA. Nature medicine. 2018.