Affymetrix GeneChip生物芯片检测系统，是由高密度GeneChip芯片和试剂，杂交、扫描仪器，数据处理和分析工具组成的一整套检测平台，是世界上第一种经欧盟和美国FDA审批的可用作体外诊断的芯片系统。

        Affymetrix GeneChip芯片系统的硬件平台由高度自动化的流体工作站、高通量芯片扫描仪，和相关探针序列描述和注释数据库等组成。高度自动化的处理减少手工操作时间，提高了数据重复性。配合使用不同类型的芯片，Affymetrix GeneChip芯片系统可用于RNA和DNA检测的多方面的应用研究。

 

　      Affymetrix芯片采用原位光刻技术和严格的流程控制合成高密度基因芯片，可以在每平方厘米基片上合成超过400万的探针。Affymetrix原位光刻合成技术的原理：先将基片支持物(wafer)羟基化，并用对光敏感的保护基团将羟基基团保护起来。然后选取特制的光刻掩膜(photolithographic mask)覆盖在基片上，遮挡不需要合成的部位，暴露需合成部位。当光通过蔽光膜照射到基片上，需要合成探针的部位透光，受光照射部位的羟基脱保护而活化。加入3’端活化(5’羟基末端连接光敏保护基团)的单一一种核苷酸单体底物后，发生偶联反应。在一轮反应之后更换另一张光掩膜控制活化区域，并换另一种核苷酸单体实现在待定位点合成预定序列寡聚体。光掩膜设计和严格的工艺流程使制造的芯片具有高质量、高重复性和一致性，也确保了芯片上探针合成的极高密度。

 

基因芯片类型（科研常用）

    RNA层面： 
                      mRNA芯片 ——Affymetrix Clariom D array
                                                   Affymetrix Clariom S array
                                                   Affymetrix Primeview array
                      miRNA芯片 ——Affymetrix miRNA 4.0 array（全物种）
                      lncRNA芯片 ——Affymetrix  Clariom D array
                      circRNA芯片 ——Affymetrix Clariom D array

    DNA层面：
                     SNP/CNV芯片——Affymetrix CytoScan HD array
                                                 Affymetrx CytoScan 750K array
                     甲基化芯片——— Illumina 850K

基因表达芯片分类

        3’IVT芯片只能检测转录本3’端的外显子，而WT芯片可以检测转录本中所有的外显子，可以准确反映基因的表达水平，可以分析可变剪接的发生。目前最新版的全转录组基因表达芯片是Clariom D 系列——一款神级表达谱芯片，它有三项技术革新：

        1. 全面检测——发现编码基因、lncRNA、环状RNA、外显子、microRNA（前体）以及可变剪切信息。
        2. 快速检测——轻松快速发现鉴定重要注释明确的基因与信号通路，实验周期缩短至1周。
        3. 大范围检测——可对血液、石蜡组织等降解样本，以及低至100pgRNA的微量样品进行转录组分析，充分挖掘样本信息。