问：T212187这类LncRNA该如何查询序列呢 ?

答：这类LncRNA收录于Transcriptome ，一般结合UCSC基因浏览器和位置关系来查找。

具体方法:
1. 打开Transcriptome（网址： http://www.mitranscriptome.com/#），点击浏览转录本。





2. 收录于TUCP中的转录本信息都有两种固定的命名，一类为T+6位数字；一类为G+6位数字。针对每条信息会显示编码性潜能得分，当遇到这类信息时，需谨慎选择。


3. 接下来进入正题，查询T212187，但Mitranscriptome数据库浏览界面的局限性，难以通过T212187这类关键词进行检索，需要结合UCSC来完成，点击进入UCSC的链接。



4. 进入UCSC，自动加入Transcriptome数据库信息，且为Hg19的版本号。


5. 现在要查询一下表格中的T212187的LncRNA，位置关系为chr20: 363121-370396。


6. 但这位置关系为Hg38版本，因此，首先需要将UCSC浏览器转换为Hg38，操作如下：点击Genome中hg38。


7. 然后，出现如下hg38界面，点击Add Custom Tracks。

 

8. 接着，在空白内复制粘贴

track type=bigBed name="MiTranscriptome" description="MiTranscriptome Full Assembly" visibility=pack useScore=0 bigDataUrl="http://mitranscriptome.org/download/compendia_2013-Jul-31.bb" colorByStrand="255,0,0 0,0,255" priority=1000 ，然后点击submit。


9. 出现如下界面，说明成功将MiTranscriptome数据库添加进Hg38版本的基因浏览器中，点击GO。


11. 在打开的UCSC的检索框中输入位置，chr20: 363121-370396（Hg38），缩小界面，定位到T212187。接下来，可以通过UCSC查看具体序列信息。



10. 然后进入添加有MiTranscriptome数据库的Hg38版本的基因浏览器中。



11. 在打开的UCSC的检索框中输入位置，chr20: 363121-370396（Hg38），缩小界面，定位到T212187。接下来，可以通过UCSC查看具体序列信息。



12. 点击T212187记录，得到如下界面：


13. 然后获取序列，如下图所示：




PS：客户做完lncRNA高通量检测后，选择关键lncRNA进行研究，建议定位多个数据库均有收录的lncRNA作为研究对象。类似于T212187这类信息慎重选择，它是否为lncRNA还是个未知数，需要验证。