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鉴定感兴趣的组织、细胞、体液的及免疫共沉淀(IP)蛋白质,怎么做? -
寻找不同组织、细胞、体液内差异表达蛋白,怎么做?
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鉴定组织、细胞、体液及免疫共沉淀(IP)的蛋白质修饰位点(如磷酸化),怎么做?
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寻找不同组织、细胞、体液内差异蛋白质修饰位点(磷酸化、泛素化、糖基化....),怎么做?
1. 常规蛋白组学
常规蛋白组学研究主要用于整个蛋白组的定性及定量,目前公司可以提供Label (标记定量)和Label free(非标定量)两种检测技术。
1.1 Label (标记定量):该技术属于体外标记,目前有基于iTRAQ/TMT标记试剂盒的两种蛋白质组学定量方法。
iTRAQ/TMT 技术特点:
通量高:可一次实现最多8-10次样品的分离分析
适用范围广:体外标记,可标记各种动物、植物、微生物、细胞、体液等样品
重复性好且定量准确:所有样品的分离鉴定条件完全一致,保证了实验重复性,同时增强定量的准确性
分辨率高:可与最高分辨率的LC-MSMS技术结合,实现对低丰度蛋白的定量定性
数据丰富:可以同时获得检测到的蛋白的定性和定量信息
自动化程度高:以高分辨率液质联用为基础,自动化操作,分析速度快
1.2 Label free(非标定量):该技术无需昂贵的同位素标签做内标,在低丰度蛋白质及有无差异的检测上更有优势。此外,该技术需要对样品做分级处理。
分级(fraction):分级通常是将蛋白样本、或蛋白酶解后的肽段样本,采用蛋白或肽段性质(如等电点、分子量、电荷性、疏水性)上的差异,通过凝胶或色谱等方法,将一份样本分为多份样本(常说的分10个fraction,即通过分级的方法将每份样本又分为了10份)。一般检测的流份越多,鉴定出的蛋白也就越多。通常情况下,一个样品2个流份即可。
两种定量技术比较和选择:
最终数据内容:
1、表格结果:蛋白质鉴定信息、多肽鉴定信息、蛋白差异结果
2、图谱结果:色谱、质谱图谱
3、原始数据:raw文件
4、数据分析结果:GO 分析、KEGG信号通路分析及深入分析
5、其他:中英文实验步骤、质谱相关参数设置
2. 蛋白修饰组学
基于质谱的修饰组学的优势
1、高通量:一次性对样本中的全部蛋白质进行大规模的定性或定量分析;
2、更精确:二级质谱图谱匹配,精确定位到发生修饰的氨基酸位点;
3、更全面:生命活动不仅和蛋白质的表达丰度相关,也和PTM状态密切相关;
4、更新颖:蛋白质组学领域的研究热点琥珀酰化丙酰化,丙二酰化等新兴修饰的发现。
以磷酸化为例
1、磷酸化ITRAQ定量
流程:样本制备——稳定同位素标记——磷酸化肽段富集——液质联用分析——生物信息学分析
2、磷酸化label free定量
流程:样品前处理——多肽的预分离——磷酸化肽段的富集——串联质谱检测——生物信息学分析
样品要求:
蛋白样品 : 每组样品150ug 蛋白质 ,重复的话翻倍,一般建议客户准备两份样品备用,液氮或者-80℃保存,干冰运输。
组织样本: 按照蛋白质组织提取效率(蛋白:组=7%),考虑提取样本方便,建议0.1g 左右或更多组织,液氮或者 -80℃保存,干冰运输 。
细胞样本 : 10的七次方个细胞 ,按细胞冻存标准离心收集细胞即可。液氮或者 -80℃保存,干冰运输。
体液样本 : 血清 500uL,脑脊液100uL , 尿液1mL ,泪液 1mL.-80℃保存,干冰运输。
蛋白组学检测服务已正式上线!
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全国免费服务热线:400-919-9545
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北京中康博生物科技有限公司(beijing Cnkingbio Biotechnology Co.LTD)通过引进资金、人才,以及平台升级后快速发展起来的专业技术服务公司。公司立足生命科学,为临床与基础研究领域科学工作者提供分子生物学高端技术服务。