Affymetrix官方软件 Expression Console的使用

Affymetrix官方软件EC的使用

Affymetrix是全球三大芯片之一，提供不同层面、不同物种、不同定制需求的基因芯片，在此基础上，为方便用户利用数据，平台开发有针对性的解析和分析软件，今天小编就给大家简单介绍一款Affymetrix软件：Expression Console 。
问：那这款软件能解决什么问题呢？应用范围是什么？能做差异分析吗？能做功能通路富集吗？能做高大上的网络分析吗？
答：Expression Console是Affymetrix开发专门用于数据解析和质控的一款软件；只适用于Affymetrix的芯片产品；不可以直接用于差异分析，但可以为差异分析提供标准化的.chp源头文件，是进行差异分析的基础；不可以用于功能通路富集，也不可以用于网络分析，但Affymetrix的另一款软件Transcriptome Analysis Console可以。

回归正题，我们来扒一扒Expression Console的喜恶，最喜欢的自然是“原始数据解析”，最喜欢探究别人心里的小秘密，总喜欢将.cel扒拉成.chp；

但它也是个有责任心的主儿，兢兢业业，严格把关，即对芯片检测是否合格作出判断，具体可分为3个指标：杂交质控、PolyA质控、芯片信号值与背景值，每个指标有各自的合格标准，稍有偏差，就是Outside；
①杂交质控合格标准—— BioB<BioC<BioD<Cre
②PolyA质控合格标准—— Lys<Phe<Thr<Dap
③芯片信号值与背景值—— 信号值>背景值

然而，具体如何操作，可参考以下流程：
一、Affymetrix官网注册及软件下载
在浏览器中输入Affymetrix（http://www.affymetrix.com/estore/）网址，进入，主页如下，点击注册Register，根据提示完成信息录入，完成注册。

注册完成后，登陆，点击Support——Affymetrix Microarray Solutions，进入产品支持界面；

点击software Downloads，进入软件下载界面；

然后选择Expression Console Software，目前官网上这款软件只有64位，电脑是32位的小伙伴们是安装不了的哟………..

快快安装起来，方法很EASY，跟着提示走就OK啦，只有一点，小伙伴们在设置储存路径的时间，一定一定要使用英文路径，否则软件无法识别，例如存储在G盘，路径必须是G/英文/英文，半个中文都不可以有。

二、EC软件的安装、库文件（library files）和注释文件（Annotation files）的下载
打开Expression Console软件，会自动弹出用户名对话框，这个大家随便填就OK了，只要是英文即可，然后点击OK；

点击File—Download library files，弹出NetAffx Account Information对话框，将注册好的邮件和密码输进去，点击OK；

点击OK后，弹出NetAffx library files对话框，对话内呈现的是Affymetrix芯片类型；

选择自己相关芯片类型，在方框内点击打钩，并点击Download键，进入library file下载，该过程耗时长，要耐心等候；

下载完成后，会在对应芯片后出现“currently installed”的字样，代表下载完成，然后关闭该对话框；

接着，点击File—Download Annotation files，弹出NetAffx Account Information对话框，将注册好的邮件和密码输进去，点击OK即可；

点击OK后，弹出NetAffx Annotation files对话框，对话内呈现的也是Affymetrix的芯片类型，但下载内容是芯片的注释文件，和上文中的下载的library files是不一样的，大家注意区分。
然后，选择对应芯片，在方框内点击打钩，并点击Download键，进入Annotation file下载，该过程同样耗时长，下载完成后，关闭对话框。