RNA-深入分析

Global Signal Transduction Network

来源:小博发布时间:2018-01-23

全局信号转导网络—Global Signal Transduction Network

 
      利用数据库中KEGG、BIND、HPRD等信号传递通路,以及基因、蛋白质、化合物之间的作用关系,构建目标基因群中,基因与基因产物间的信号传递网络,通过信号转导网络得到基因间的相互作用关系,信号转导网络通过图论分析方法可以得到网络的核心调节基因,反映样本在全局层面的基因调节机制。结果样式如下:

文章案例1:研究构建H2AX低表达A549细胞,与对照A549细胞进行表达谱检测,经差异分析和功能通路富集分析后,构建全局信号转导网络,根据属性值degree筛选排名前十的基因,进一步采用PCR验证。(芯片检测+数据分析由中康博提供)



参考文献:Chengrong Lu et al. Genome-wide transcriptional analysis of apoptosis-related genes and pathways regulated by H2AX in lung cancer A549 cells. Apoptosis. 2013 .
 
文章案例2:实验分为对照组 和SiNPs处理组,斑马鱼为研究对象,对两分组3:3样本进行表达谱检测, 经差异和功能通路富集后,进一步构建全局信号转导网络,筛选出核心的差异基因,并根据degree值及自身研究选择个基因(如jak1、jak2a)进一步验证。(芯片检测+数据分析由中康博提供)



参考文献:Genome-wide transcriptional analysis of cardiovascular-related genes and pathways induced by PM2.5 in human myocardial cells. 2017. Environ Sci Pollut Res.