构建基因的共表达调控网络—Co expression Network
Coexpression Network是分析lncRNA与mRNA相互作用关系的创新工具。Coexpression Network根据lncRNA及mRNA的实测值，通过共表达计算方法构建网络。通过lncRNA周边与其共表达的mRNA来预测未知lncRNA的功能。Coexpression Network可以帮助发现lncRNA与mRNA之间可能存在的作用关系，能够找到影响mRNA表达的lncRNA，从而发现网络中起中心调控作用的lncRNA及发现lncRNA可能存在的新作用机制。由于共表达调控网络是基于芯片的实测表达值运算的结果，故而突破了传统分析中基因注释不齐全的限制，大大增加了研究的创新性。结果样式如下：
文章案例： lncRNA在癌症生物学中具有关键的调节作用。然而，lncRNAs对乙型肝炎病毒（HBV）相关性肝细胞癌（HCC）的作用还不清楚。通过基因芯片检测HBV相关的HCC和配对的瘤周组织之间差异表达的lncRNA，通过差异分析和共表达网络分析，定位出lncRNA-HEIH及其靶标，后期通过分析与临床指标的关系及一系列功能表型实验发现，lncRNA-HEIH是促进肿瘤进展的致癌lncRNA， 可以作为HCC发展进程中的关键调控因子。
