RNA-基础分析

RNA-基础分析

  • 层次聚类—Cluster

    层次聚类—Cluster

    在文章中我们经常看到红绿相间,黄蓝相间的图,它的学名叫聚类图,通俗点就是我们常说的热点图。它们不但美观,且直观阐述性强,在目前的高通量领域这个是必放的结果。 那此图...

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  • 散点图—Scatter Plot

    散点图—Scatter Plot

    芯片或测序数据经过标准化处理后,在一个二维直角坐标系平面中,绘制散点图。芯片数据的散点图常用于评估两组数据总体分布集中情况。散点图中每一个点代表芯片上的探针点,该...

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  • 火山图——Volcano plot

    火山图——Volcano plot

    芯片或测序数据经 T-Test 分析得到 P-value 值与 FC 值,两个因素共同绘制火山图( Volcano Plot ),用于显示两组样数据的显著性差异。横轴代表探针的差异倍数( Fold chang ),纵轴代表探...

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  • 功能的显著性分析——GO Enrichment Analysis

    功能的显著性分析——GO Enrichment Analysis

    Gene Ontology(GO)是基因功能国际标准分类体系。GO富集分析是对差异基因等按GO分类,并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、错判率分析、富集度分析,得到与实验目的有显著联...

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  • 通路的显著性分析——Pathway Enrichment Analysis

    通路的显著性分析——Pathway Enrichment Analysis

    目前,KEGG是有关Pathway的主要公共数据库。根据挑选出的差异基因,计算这些差异基因同Pathway 的超几何分布关系,Pathway 分析会对每个有差异基因存在的pathway 返回一个p-value,小的p 值...

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  • circRNA的miRNA靶向位点预测

    circRNA的miRNA靶向位点预测

    通过自由能计算,推断circRNA结合miRNA的能力,得到circRNA-mRNA靶向关系。...

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