RNA领域研究

全转录组芯片—Affymetrix Clariom D array

来源:小博发布时间:2017-05-12

        Affymetrix Clariom D是Affymetrix在2016下半年刚刚推出的一款全转录组芯片,它具有前所未有的全面转录组覆盖,提供更深、更广、更精细的转录组信息检测, 适用于不同来源与性质的样品,包含临床来源的样品,是转化研究的首选工具。仅通过一次实验, 便可准确检测mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA四个层面的信息。 Clariom D检测带来全面的覆盖率、稳定的可重复性、深度可执行的RNA标记物。
 
Affymetrix Clariom D特点
1、基因数量Top:  > 13万个基因,54万转录本
2、基因类型Top:  市面上唯一的四合一芯片,可检测编码基因、lncRNA、circRNA、miRNA前体
3、探针密度Top:  业界最高覆盖度,每个基因对应探针超过109个
4、检测深度Top:  探针靶向检测,一次芯片检测基因数大于300G常规测序
5、检测广度Top:除了常规样品外,可检测血液、石蜡等降解样品,也可检测低至100ng(10个细胞)的微量样品
6、检测速度Top:  最快1周交付结果

 
Affymetrix Clariom D的检测数量
 

 
Affymetrix Clariom D的注释数据库
   如下表所示, 这款芯片囊括的经典数据库高达18个, 其中包括mRNA、lncRNA、miRNA和circRNA的多种数据库。

 
Affymetrix Clariom D的全套分析
   作为一款四合一芯片,除了常见的基础分析外,它所涉及的深入分析也非常丰富,可挖掘的信息很多,而我们致力于Affymetrix芯片检测和数据分析8年,为您提供最专业最全面的高通量检测分析服务。
 

RNA样本
    1. Total RNA>6ug(真核);>10ug(原核)。
    2. 260/280在1.8-2.1之间。
    3. 凝胶电泳28S跟18S要清晰可见,并且弥撒不能严重。
    4. RNA浓度>250ng/ul。

 
组织样本
 (建议重量>100mg) 推荐两种保存运输方法,任选其一:
    A. 获得新鲜的组织样本后,在RNase-free的0.9%生理盐水中漂洗样本,除去血渍。装入冻存管,旋上盖子,迅速投入液氮冷却1~2小时,然后液氮保存或转移至-80°冰箱保存。
    B. 获得新鲜的组织样本后,立即剪成所有方向都< 0.5 cm的小块,整个浸没在5倍体积的RNAlater中,4°C浸泡过夜,然后液氮保存或转移至-80°冰箱保存。

 
细胞样本
贴壁细胞
     1. 去除培养液。
     2. 按10cm2 培养面积加1ml的比例加入Trizol(invitrogen公司)。 3. 用1ml枪头反复吹打,使Trizol接触所有长有细胞的培养瓶表面进行充分消化。 4. 转移到RNase-free的试管中反复吹打细胞直至看不见成团的细胞块,整个溶液应为清亮而不粘稠的状态。 5. 液氮保存或转移至-80°冰箱保存。
悬浮细胞
    1. 悬浮细胞培养结束后离心去除培养液。
    2. 保留的细胞用PBS缓冲液快速洗一次,离心出去PBS缓冲液。
    3. 按照每5*106 个细胞加1ml Trizol的比例加入Trizol试剂,反复吹打细胞直至看不见成团的细胞块,整个溶液呈清亮而不粘稠的状态。
    4. 液氮保存或转移至-80°冰箱保存。

 
血液样本
    1. 血清/血浆处理   全血样本(体积>2ml全血)收集后,离心收集血浆/血清(无纤维蛋白原),然后加入3倍体积的TRIzol LS,混匀后液氮保存或转移至-80°冰箱保存。
    2. 全血 推荐4种保存运输方法,任选其一:
           A. 用PAXgen RNA采血管,混匀之后液氮保存或转移至-80°冰箱保存。详细流程请参阅PAXgen说明书。
           B. 外周血样本用3倍体积的TRIzol LS处理获得裂解液,然后液氮保存或转移至-80°冰箱保存。
           C. 从外周血分离白细胞,用TRIzol LS处理成裂解液,然后液氮保存或转移至-80°冰箱保存。请参阅TRIzol LS说明书。
           D. 用TIANGEN RNALock血液RNA稳定剂,混匀之后液氮保存或转移至-80°冰箱保存。