Illumina在原450K芯片巨大成功的基础上，推出了新一代的DNA甲基化芯片Illumina Infinium Methylation EPIC BeadChip芯片（下文中以850K芯片代称），为研究者提供了一个可靠且经济高效的甲基化分析平台。850K芯片可检测人全基因组约853,307个CpG位点的甲基化状态，其中包含了原450K芯片91%的位点，并增加了413,745个位点。850K芯片不但保持了对CpG岛，基因启动子区的全面覆盖，还特别加强了增强子区（新增了333,265个探针覆盖来自ENCODE及FANTOM5计划的增强子）以及基因编码区的探针覆盖。广泛应用于干细胞研究、肿瘤和其他复杂疾病研究，是目前最适合表观基因组全关联分析研究的全基因组DNA甲基化芯片。以上设计不但可从泛-增强子及编码区域角度分析甲基化组，还在全基因组表观遗传关联研究（EWAS）中发挥重要作用。
850K芯片检测位点
1. CpG岛以外的CpG位点
2. 人类肝细胞中的非CpG甲基化位点（CHH位点）
3. 肿瘤（多种类型的癌症）VS正常样本中的不同甲基化位点，可以检测多种样本类型
4. FANTOM5增强子
5. ENCODE开放染色质和增强子
6. 脱氧核糖核酸酶超敏位点
7. miRNA启动子区域
8. 涵盖Infinium Methylation 450 BeadChip芯片中的＞90%的内容
850K芯片特点
覆盖全面：检测853,307个CpG位点；全面覆盖CpG岛、启动子、编码区及增强子；
操作简单： 无需“甲基化DNA免疫共沉淀”，亚硫酸氢盐处理基因组DNA即可进行芯片实验； Infinium探针设计，直接识别甲基化位点；
重复性高： 技术重复重现率>98%；
样品广泛： 适用于多种类型样品，包括FFPE样品；无须PCR扩增，模板量可低至250ng。
850K芯片表现出非常完美的重复相关系数（r2＞0.98）
850K芯片原理
850K芯片沿用了在450K芯片的Illumina BeadArrayTM Infinium技术，其中，Infinium II探针对目的CpG位点采用单个探针且序列中包含简并碱基设计，即使序列中有多达三个CpG位点的甲基化状态影响也不会对目的位点的结果造成影响。同时，采用了Infinium Ⅰ 和Infinium Ⅱ 探针设计，从而使得检测范围最大化。
1. Infinium Ⅰ 探针设计
在InfiniumI设计中对于每个甲基化位点，都对应设计有两种探针：M型磁珠、U型磁珠。M型磁珠尾部为G，用来检测甲基化位点（C）。U型磁珠尾部为A，用来检测未甲基化位点(T)。根据单碱基延伸的原理，仅当探针最后一个碱基与模板配对时，荧光标记的核苷酸才能掺入并被检测到荧光信号。通过分析M型与U型磁珠荧光信号的结果计算甲基化值。
2. Infinium Ⅱ 探针设计
Infinium Ⅱ 探针只使用一种磁珠，探针末端为C，与目的位点的前一个碱基配对，只延伸一个碱基（ ddNTP-BioT， ddNTP-DNP）分别与非甲基化或甲基化位点配对。根据两种荧光类型及计算目的位点的甲基化程度。
850K芯片检测位点
1. CpG岛以外的CpG位点
2. 人类肝细胞中的非CpG甲基化位点（CHH位点）
3. 肿瘤（多种类型的癌症）VS正常样本中的不同甲基化位点，可以检测多种样本类型
4. FANTOM5增强子
5. ENCODE开放染色质和增强子
6. 脱氧核糖核酸酶超敏位点
7. miRNA启动子区域
8. 涵盖Infinium Methylation 450 BeadChip芯片中的＞90%的内容
850K芯片特点
覆盖全面：检测853,307个CpG位点；全面覆盖CpG岛、启动子、编码区及增强子；
操作简单： 无需“甲基化DNA免疫共沉淀”，亚硫酸氢盐处理基因组DNA即可进行芯片实验； Infinium探针设计，直接识别甲基化位点；
重复性高： 技术重复重现率>98%；
样品广泛： 适用于多种类型样品，包括FFPE样品；无须PCR扩增，模板量可低至250ng。
850K芯片表现出非常完美的重复相关系数（r2＞0.98）
850K芯片原理
850K芯片沿用了在450K芯片的Illumina BeadArrayTM Infinium技术，其中，Infinium II探针对目的CpG位点采用单个探针且序列中包含简并碱基设计，即使序列中有多达三个CpG位点的甲基化状态影响也不会对目的位点的结果造成影响。同时，采用了Infinium Ⅰ 和Infinium Ⅱ 探针设计，从而使得检测范围最大化。
1. Infinium Ⅰ 探针设计
在InfiniumI设计中对于每个甲基化位点，都对应设计有两种探针：M型磁珠、U型磁珠。M型磁珠尾部为G，用来检测甲基化位点（C）。U型磁珠尾部为A，用来检测未甲基化位点(T)。根据单碱基延伸的原理，仅当探针最后一个碱基与模板配对时，荧光标记的核苷酸才能掺入并被检测到荧光信号。通过分析M型与U型磁珠荧光信号的结果计算甲基化值。
2. Infinium Ⅱ 探针设计
Infinium Ⅱ 探针只使用一种磁珠，探针末端为C，与目的位点的前一个碱基配对，只延伸一个碱基（ ddNTP-BioT， ddNTP-DNP）分别与非甲基化或甲基化位点配对。根据两种荧光类型及计算目的位点的甲基化程度。
Illumina 850k甲基化芯片实验流程：
Illumina 850k甲基化芯片分析流程：
甲基化芯片样品要求：
样品类型：组织、细胞、基因组DNA
样品纯度：OD 260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染。
样品浓度：浓度不低于50ng/μl；
样品总量：每个样品总量不少于2μg 。
样品溶剂：溶解在TE中。
样品运输： DNA低温运输（-20℃）；在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。
备注：样品数量需是12的倍数，否则需要和别的项目拼样。
样品类型：组织、细胞、基因组DNA
样品纯度：OD 260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染。
样品浓度：浓度不低于50ng/μl；
样品总量：每个样品总量不少于2μg 。
样品溶剂：溶解在TE中。
样品运输： DNA低温运输（-20℃）；在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。
备注：样品数量需是12的倍数，否则需要和别的项目拼样。
