全基因组重测序通过对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组重测序和序列比对，可以找到大量的SNP(Single Nucleotide Polymorphism)、InDel(Insertion/Deletion)、CNV(Copy Number Variation)等信息，从而进行个体或群体的基因组的差异性分析，在植物育种研究、遗传进化分析及重要性状候选基因预测方面，具有重要的科研和产业价值。
北京中康博可以帮助您利用有Illumina Hiseq X10等平台进行全基因组重测序，并通过生物信息学的手段，分析不同个体基因组间的差异， 同时完成注释，从而帮助您在全基因组水平上扫描并检测特定人群的重要遗传性状相关位点。
中康博技术优势
● 严格的质控标准：提供整套质控分析，确保数据准确性
● 成熟的实验技术：配备有专业的技术操作人员，具有丰富的样品处理和建库经验
● 强大的生信分析团队：熟悉各种分析算法和软件；根据客户需求，提供更多个性化分析
● 易读性强的数据报告：提供全面的数据及图形内容，同时配备技术人员帮助客户查看数据结果
推荐测序模式
● 测序平台：Hiseq X 10
● 测序类型：PE150
● 测序深度：150G（50X）或者 300G（100X）
全基因组重测序实验流程
1.样品纯度：纯度OD260/280在1.8-2.0之间；RNA 应该去除干净。
2.样品浓度：最低浓度不低于50ng/µl。
3.样品总量：每个样品总量≥500 ng。
4.样品溶剂：基因组DNA用TE/水溶解。
5.样品运输：DNA低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染；收到样品后，甲方需要对样品进行检测，最终样品的量和纯度，以甲方的检测结果为准。
1.样品纯度：纯度OD260/280在1.8-2.0之间；RNA 应该去除干净。
2.样品浓度：最低浓度不低于50ng/µl。
3.样品总量：每个样品总量≥500 ng。
4.样品溶剂：基因组DNA用TE/水溶解。
5.样品运输：DNA低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染；收到样品后，甲方需要对样品进行检测，最终样品的量和纯度，以甲方的检测结果为准。
标准数据分析
1. 序列质量评估：应用测序质量Q值进行评估。
2. 数据预处理：去除总体质量低于标准的reads、接头序列去除reads中由于测序产生的含糊的N碱基。
3. 基因组mapping统计：包括mapped reads ratio, genome coverage, genome depth等信息的统计。
4. 基因组SNV检测结果：碱基突变情况；对应的氨基酸的改变，是否同义突变；对应染色体的物理位置定位信息；关联的dbSNP库信息（若是新发现SNV则无此信息）；该SNV位点相关基因信息（若是新发现SNV则无此信息）。
5. 基因组SV检测结果：基因组发生SV的类型，SV区段的起始/终止位置，SV对氨基酸，蛋白质功能的影响。
6. 基因组Small InDel检测结果：基因组发生Small InDel区段的大小，位置，(仅限于有参考序列，reference sequence，的区域)；关联的基因信息。
高级数据分析
● 群体进化研究
群体遗传多样性指数计算 ·主成分分析（PCA）
个体聚类分析、群体聚类分析
● 遗传图谱构建
● 群体遗传结构分析
● QTL定位
● 关联分析
