技术讲座

功能通路富集——DAVID的使用

来源:小博发布时间:2017-03-14

说起DAVID,没有涉及过高通的小伙伴们会以为这是一个人名,而对高通量稍有了解的人就会知道其实它是一款在线免费分析软件,主要用于差异基因的功能和通路富集分析,对很多科研工作者来说,是个非常好的工具,那今天我们就来看一下它是如何使用滴。
  在DAVID的操作前,我们需要了解清楚咱们的起始数据源是什么样子的,很简单,一组基因列表即可,如下图:
说明: F:\中康博微信订阅号\免费软件及数据库使用篇\4-功能通路富集分析——DAVID的使用\1.png
  接下来,正文开始啦啦啦。
  如何进入DAVID呢?很简单,打开网址https://david.ncifcrf.gov/,就OK啦,显示界面如下,并点击 Start Analysis。
说明: F:\中康博微信订阅号\免费软件及数据库使用篇\4-功能通路富集分析——DAVID的使用\2.png
 
   现在我们具体看一下DAVID的使用流程,我截了个图,并且在图上用数字进行了标注,大家按照标注序号一步步进行即可。
 
说明: F:\中康博微信订阅号\免费软件及数据库使用篇\4-功能通路富集分析——DAVID的使用\3.png
 
   1——将基因列表复制拷贝到空白框中;2——选择基因名称类型,一般都OFFICIAL GENE SYMBOL(基因的官方名称),但主要还是根据基因列表的情况来进行选择;3——勾选 gene list;4——提交基因列表。 提交完成后,网页需要反映一会会……., 界面会弹出如下提示框 ,按确定即可。
说明: F:\中康博微信订阅号\免费软件及数据库使用篇\4-功能通路富集分析——DAVID的使用\4.png
 
    接着往下走………
说明: F:\中康博微信订阅号\免费软件及数据库使用篇\4-功能通路富集分析——DAVID的使用\5.png
    按照如上流程进行,1 list1——2 Use——3选择物种“大鼠”——4 点击Select Species——5 点击 Functional Annotation Chart , 其中注意,第2步和第4步都需要反应一会,不要着急,慢慢来,最后显示界面如下:
说明: F:\中康博微信订阅号\免费软件及数据库使用篇\4-功能通路富集分析——DAVID的使用\6.png
    接着上一步,显示如上图界面,首先把所有默认选项都清空,只选择Gene_Ontology下的GOTERM_BP_DIRECT和Pathways 下的KEGG_PATHWAY  ,最后点击 Functional Annotation Table,结果就出来了,So Easy。
说明: F:\中康博微信订阅号\免费软件及数据库使用篇\4-功能通路富集分析——DAVID的使用\7.png
    为了方便大家查阅结果,可以点击右上角的Download File 按钮,将结果进行复制保存。其中结果包括功能和通路两部分,可以后期编辑时将它们分开存放。
 
   DAVID的使用就介绍到这里,简单来说,就是您有一批差异基因数据,想看看它们主要参与了那些功能和通路,通过以上DIVID的操作流程就能搞定了。注意:大家在使用该网站时,经常打不开,这时建议大家换一下浏览器。