上一期“Affymetrix芯片数据的差异分析——TAC的使用（一）”中，我们完成了软件TAC的安装和文库下载工作，现在 万事俱备，只欠东风 啦。这一期主要通过实例带大家领略一下分析的过程。
看过我前期内容的小伙伴们应该知道——TAC的数据源来自EC软件解析后的.chp文件。本案例中选用一批8个样品的Affymetrix Clariom D的数据（分两组：正常组 vs 疾病组），原始数据.cel文件经EC解析生成.chp 文件。
打开TAC软件，选择 基因表达层面 ，然后，点击 import data 导入数据，如下图所示:
看过我前期内容的小伙伴们应该知道——TAC的数据源来自EC软件解析后的.chp文件。本案例中选用一批8个样品的Affymetrix Clariom D的数据（分两组：正常组 vs 疾病组），原始数据.cel文件经EC解析生成.chp 文件。
打开TAC软件，选择 基因表达层面 ，然后，点击 import data 导入数据，如下图所示:
接着，将这8个数据进行分组，正常组和疾病组，每组4个重复，如下图：1选中要归于一组的数据——2 点击 + ,将同组数据添加到一起，并命名为Control（同理另外4组数据添加到一起，并命名为Disease）——3 设置结果保存路径——4 选择差异分析的统计学方法——5 点击 Run Analysis。
然后，待软件反应1-2分钟，弹出如下结果界面，左侧为差异基因表可根据自身需要调整筛选标准，也可以通过Export 输出差异结果。右侧为相应的基础分析图，包括散点图、火山图、聚类图、染色体定位图和通路富集图，可通过右上角的保存按钮进行保存。
自此，Affymetrix芯片的差异基础分析就完成了，接下来的功能通路富集分析和深入网络分析，则需要收费数据库和R语言来完成，中康博多年致力于高通量数据分析，竭诚为您服务。
