Affymetrix芯片数据的差异分析—

上次和大家简单介绍了EC软件，今天小编给大家再简单一款Affymetrix软件：Transcriptome Analysis Console(TAC)。

问：那这款软件能解决什么问题呢？应用范围是什么？能做差异分析吗？
能做功能通路富集吗？
答：Expression Console是Affymetrix开发专门用于数据解析和质控的一款软件, 可以完成以下分析目的：
开展差异表达的统计学检验
生成差异表达基因的列表
探索编码和非编码RNA之间的相互作用
简化复杂的选择性剪切事件的解释
轻松聚焦感兴趣的基因和通路
连接到公开获取的注释
获得序列信息以设计验证实验

问: 运行该软件的系统要求？
答: 电脑系统要求(以最新版为例)：Microsoft Windows 7 professional (SP1)或Microsoft Window 8.1 professional
Operating system（bits） 64-bit
Processor 2.8GHz Intel Pentium Quad Core
Memory(RAM) 16G
Web browser Internet Explorer 8.0 and above

问：安装TAC软件时有什么注意事项？
答：和EC的安装方法类似，特别需要注意的有两点：一是路径设置，一定一定要使用英文路径，否则软件无法识别，例如存储在G盘，路径必须是G/英文/英文，半个中文都不可以有；二是运行前一定安装有Java语言环境，一般电脑自带，但一些老一点的电脑就需要自己安装啦。

问：都说TAC就可以完成基础分析，那具体结果都有哪些？如何呈现的呢？
答：来来来，一张拼接图满足您的好奇心。以下六种结果都是TAC软件自动生成，此外差异基因列表也可以生成，这边就不列举了。

A——热点图；B——散点图；C——火山图；D——染色体定位图；F——wiki通路富集图

说了这么多，不知道您对TAC的用途及安装准备工作是不是清楚了呢？接下来我们开始实际操作了。

第一步: TAC的安装

登录Affymetrix官网（http://www.affymetrix.com/estore/），点击Support——Affymetrix Microarray Solutions，进入产品支持界面，点击software Downloads，进入软件下载界面，然后选择Transcriptome Analysis Console(TAC)，目前官网上这款软件有32位和64位，根据自己电脑设置选择。
TAC下载完成后，点击安装，注意全英文路径设置，安装过程跟着提示走，一步步完成即可。安装成功后，打开软件，选择 “Gene Level Differential Expression Analysis”（基因层面差异表达分析），这是我们最常用的选项，另两个选项一般用作可变剪切和外显子层面的研究。

第二步：注释文件的下载

软件界面打开后，1 点击Perference——2 Brower选择文库保存路径（全英文）——3 点击 Download Array Type Files。

接着弹出NetAffy Library Files 对话框，1选择Clariom D Human —— 2 点击Download, 这个下载时间会长一些，下载完成后，在对应文库后面会出现 “ currently installed”的字样。

Affymetrix芯片数据的差异分析——TAC的使用（一）

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