大家好，今天继续和大家分享耳鼻咽喉科方面的高通量文章，今天带来的是一篇 mRNA+lncRNA 联合研究案例。文章作者依然是首都医科大学附属北京同仁医院的房居高老师课题组。

文章题目：Aberrant Expression Profile of Long Noncoding RNA in Human Sinonasal Squamous Cell Carcinoma by Microarray Analysis

文章亮点：LncRNA-mRNA 二合一芯片（Affymetrix 品牌）、珍贵的病人样本、Co-expression 共表达调控网络、作者构建的独有 mRNA 信号通路

文章思路：

1. 头颈部鳞状细胞癌是全球第六大最常见的恶性肿瘤，而其中有一种约占所有头颈鳞状细胞癌的 3–6％ 的，较为罕见的肿瘤，即「鼻窦鳞状细胞癌（SSCC）」。作者用 1 年零 7 个月的时间，收集了 6 对珍贵的病人样本，进行了 mRNA+lncRNA 二合一芯片（Affymetrix）检测。

2. 重点来了，Co-expression 共表达调控网络！这个网络的目的在于，利用 mRNA-lncRNA 实测值，计算共表达皮尔森系数，推断 lncRNA 调控的基因，从而推断 lncRNA 的主要功能。是本篇文章联合 mRNA 和 lncRNA 的关键分析工具。

3. 对 mRNA 部分，进行了常规的基因功能（GO 数据库）和信号通路（KEGG 数据库）的富集分析。

4. 在上一步中的信号通路分析中，差异基因落入很多通路中，出于想做一个大的信号通路，涵盖本次实验所有的差异基因，作者构建了独有的 mRNA 信号通路，并用较大的圆圈，将重点基因进行突出。

5. 对上述分析网络中挑选的核心基因，进行了 qPCR 验证。

6. 总结，作者通过差异 mRNA 富集分析，找到了一些与肿瘤相关的重要基因 MAPK12, RAPGEF3,  KIT ，同时也找到了一些肿瘤相关的重要通路 microRNAs in cancer, P53 signaling pathway, PI3K-Akt signaling pathway 等。最后通过共表达分析网络，找到了调控这些基因和通路的重要 lncRNA：NONHSAT125629。

PS: 文章中涉及的基因芯片检测和数据分析由本公司完成

原文：Ling-zhao Meng, et al. Aberrant Expression Profile of Long Noncoding RNA in Human Sinonasal Squamous Cell Carcinoma by Microarray Analysis. PMID: 28044124.

北京中康博生物科技有限公司（beijing Cnkingbio Biotechnology Co.LTD）是北方乃至全国最大的 Affymetrix 检测中心之一，公司以数据分析为特色，整合 Affymetrix 基因芯片、Illumina 二代测序、个性化生物信息分析三项核心服务。立足生命科学，为临床与基础研究领域的科学工作者提供分子生物学高端技术服务。