客户单位：首都医科大学

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• NCBI的GEO数据库中的数据下载

• 高通量生物信息分析（差异分析，热图、功能通路富集分析和全局信号转导网络分析）

文章简介

以cisplatin为基础的化疗是治疗多种实体肿瘤的方法，但其疗效在很大程度上受到获得性耐药的限制。本文主要通过从GEO数据库中选取了7个癌细胞系的表达谱数据进行生物信息学分析，来确定与顺铂耐药相关的基因和通路，以及建立了肿瘤细胞顺铂耐药调控的信号转导网络。本文的特色在于：公共数据的自行挖掘！

数据选择

数据选择包括肺癌细胞系A549和H460，卵巢癌细胞系A2780，口腔鳞癌细胞株KB-3-1和睾丸癌细胞系833K、GCT27和Susa这7组的芯片数据，如下表格所示。

差异分析

7组数据的聚类图如下所示。

功能和通路富集分析

• 分别对7组差异数据进行功能和通路富集分析，这里只展示了部分信号通路分析柱状图，如下图所示。

• 功能富集分析以如下表格形式呈现，只展示了其中一组数据。

全局信号转导网络

将7组差异基因一起做了一张全局信号转导网络。7组基因的重复频率由不同的颜色表示。然后通过表格的形式罗列了网络中主要的基因。

研究结论

在这7组癌细胞系中，有许多基因差异表达。它们主要共同参与了85个功能和11条信号通路。通过分析全局信号转导网络中所有差异基因的相互作用，其中CTNNB1、PLCG2和SRC这三个基因起比较核心的作用。本研究构建了一种新的差异基因表达模式，后面进一步的研究将为该病的诊断和治疗提供新的靶点。


 

北京中康博生物科技有限公司（beijing Cnkingbio Biotechnology Co.LTD）是北方乃至全国最大的Affymetrix检测中心之一，公司以数据分析为特色，整合Affymetrix基因芯片、Illumina二代测序、个性化生物信息分析三项核心服务。立足生命科学，为临床与基础研究领域的科学工作者提供分子生物学高端技术服务。