信号通路作用网络——Pathway Network
根据KEGG数据库中的Pathway间的相互作用关系，构建差异基因参加的显著性Pathway之间的作用网络，确定显著性Pathway主要的分布（比如免疫、肿瘤等等）利用图论的方法分析确定网络中的核心Pathway群及Pathway之间的上下游传导关系。
Demo1:
Demo2:
图注说明：Node代表Pathway，Line代表两Pathway之间存在关系，箭头指向代表传入或传出(即可区分上游Pathway和下游Pathway)。红色代表上调基因富集到的显著性Pathway，蓝色代表下调基因富集到的显著性Pathway，黄色代表上下调基因富集到的相同显著性Pathway。
文章案例: 研究确定了一种新型转录因子（Activating Transcription Factor 3），发现它能防止心脏重塑发展。构建WT或ATF3KO小鼠，从中各自分离成纤维细胞，并进行转录组测序，通路富集分析发现ATF3参与调控众多通路。为进一步筛选出核心通路，研究构建通路网络图（Pathway Network）发现下游效应性通路MAPK signaling pathway。（转录组测序+数据分析由中康博提供）
北京中康博生物科技有限公司（beijing Cnkingbio Biotechnology Co.LTD）通过引进资金、人才，以及平台升级后快速发展起来的专业技术服务公司。公司立足生命科学，为临床与基础研究领域科学工作者提供分子生物学高端技术服务。
根据KEGG数据库中的Pathway间的相互作用关系，构建差异基因参加的显著性Pathway之间的作用网络，确定显著性Pathway主要的分布（比如免疫、肿瘤等等）利用图论的方法分析确定网络中的核心Pathway群及Pathway之间的上下游传导关系。
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图注说明：Node代表Pathway，Line代表两Pathway之间存在关系，箭头指向代表传入或传出(即可区分上游Pathway和下游Pathway)。红色代表上调基因富集到的显著性Pathway，蓝色代表下调基因富集到的显著性Pathway，黄色代表上下调基因富集到的相同显著性Pathway。
文章案例: 研究确定了一种新型转录因子（Activating Transcription Factor 3），发现它能防止心脏重塑发展。构建WT或ATF3KO小鼠，从中各自分离成纤维细胞，并进行转录组测序，通路富集分析发现ATF3参与调控众多通路。为进一步筛选出核心通路，研究构建通路网络图（Pathway Network）发现下游效应性通路MAPK signaling pathway。（转录组测序+数据分析由中康博提供）
参考文献：Yulin Li et al. Cardiac Fibroblast-Specific Activating Transcription Factor 3 Protects Against Heart Failure by Suppressing MAP2K3-p38 Signaling. Circulation. 2017.
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